古代月餅被作為祭品于中秋節所食，由于時間的推移，月餅已經異化成中秋節食品和禮品。中秋節吃月餅的習俗于唐朝出現，根據《洛中見聞》，唐僖宗曾在中秋節當日命令御膳房用紅綾將餅賞賜給新科進士。北宋之時，該種餅被稱為“宮餅”，在宮廷內流行，但也流傳到民間，當時俗稱“小餅”和“月團”。北宋文學家蘇東坡曾經提及：“小餅如嚼月，中有酥和飴”，當中的“小餅”也即是月餅。而“月餅”一詞最早見于南宋吳自牧《夢梁錄》中，那時的月餅只是象菱花餅一樣的餅形食物，后來才演變成圓形，寓意團圓美好。
相傳元朝的時候，漢人在元人的統治下苦不堪言，朱元璋揭竿反元，但元軍控制嚴密，義軍無法傳遞消息，為此劉伯溫獻計，在中秋節互贈糕餅，并在里面夾紙條，上面寫著“八月十五殺韃子”，作為起義的訊號。
明代田汝成《西湖游覽記》提及：“八月十五謂之中秋，民間以月餅相饋，取團圓之意。”，可見月餅于當時流行于民間。清代已有詳細記述月餅制作方法的書籍。清楊光輔即寫道：“月餅飽裝桃肉餡，雪糕甜砌蔗糖霜”還有另外一個傳說，在清代你如果要反清的話，不宜太招搖。因此有人在臺灣反清時，用一張紙包在類似今日的月餅里，告訴對方準備反清復明。因此也有一說，中秋節的起源自臺灣明朝時。